Se desarrolla 5 años en el futuro, Ben tendrá que salvar al mundo otra vez, pero con su Omnitrix recalibrado. El mundo será invadido por unos nuevos enemigos, los DNAliens, quienes secuestran al abuelo, pero Ben contará con la ayuda de su prima Gwen, cuyas habilidades mágicas regresaron, y de Kevin Levin, un viejo enemigo que se le unirá a Ben, ahora puede controlar sus poderes, juntos podrán controlar esta invasión.

Se estrenó el 18 de abril del 2008, aunque el 10 de marzo, después del capítulo "Ben 10 vs. los 10 negativos", fue transmitido en Estados Unidos un avance de esta nueva serie, donde muestran a un Ben de 15 años y sin su Omnitrix descubriendo que su abuelo Max fue a investigar otra amenaza alienígena.

Hasta ahora han sido publicados 26 episodios de Ben 10 Alien Force entre dos temporadas (13 capítulos cada una). La segunda temporada se dejó de transmitir (se quedó en el capítulo 9) y se reinicio el 24 de marzo del 2009. Se realizó una semana especial de Ben 10 donde además de transmitir los últimos cuatro capítulos de la segunda temporada se revelaron los actores que interpretarían al trío principal en la próxima película de la serie.